재판부는 "원심 피고 패소부분 중 미국에서 광우병 발생시 우리 정부가 독자적 조치를 취할 수 없다는 보도, 정부가 수입 위생조건을 졸속으로 개정했다는 보도 부분을 파기한다"고 판시했다. 이 두부분은 사실적 주장이 아니기 때문에 정정보도의 대상이 아니라고 판단한 것.
재판부는 "이 부분은 정정보도 청구 대상인 사실적 주장이 아니라 의견 표명일 뿐"이라고 판시했다. 다.결과적으로 PD수첩이 정정보도해야 할 부분은 기존 3개에서 '우리 국민이 광우병에 걸릴 가능성이 더 크다'는 보도 1개 부분으로 줄었다.
이 사건은 PD수첩 제작진들이 언론중재위원회의 정정 및 반론보도 결정에 불복하면서 시작됐다.
쟁점은 ①주저앉은 소가 광우병에 걸렸을 가능성이 크다는 보도 ②아레사 빈슨의 사망원인이 광우병이라는 보도 ③정부가 월령 30개월 미만인 소에 있어 특정위험물질(SRM) 5가지의 수입을 허용했다는 보도 ④우리 국민이 광우병에 걸릴 가능성이 더 크다는 보도 ⑤미국에서 광우병 발생시 우리 정부가 독자적 조치를 취할 수 없다는 보도 ⑥라면 스프, 알약 캡슐, 화장품 등에 의해서도 인간광우병에 감염될 수 있다는 보도 ⑦정부가 수입 위생조건을 졸속으로 개정했다는 보도 등 7개 부분이 허위인가다.
이에 1심은 ①, ④를 허위로 인정, 정정보도하라고 판결했다. 아울러 ③의 경우 허위는 아니지만 반론의 기회를 주라고 판시했다. 하지만 ②는 PD수첩이 후속보도를 통해 충분히 농림수산식품부의 주장을 보도해 줬다며 청구를 기각했다. 나머지도 "사실적 주장이 아닌 피고의 판단일 뿐"이라며 정정 또는 반론보도 청구를 받아들이지 않았다.
2심에서는 허위 부분에 대한 판단이 달라졌다. 재판부는 ④, ⑤, ⑦이 허위라고 판단했고 정정보도 판결을 선고했다. 또한 1심과 마찬가지로 ③의 경우 허위는 아니지만 반론의 기회를 주라고 판결했다. 물론 나머지 청구는 기각했다.
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