신천지는 당시 확진자가 폭증하는 상황에서 교인명단, 예배자 명단, 시설현황 등을 거짓제출하고 관련 증거를 인멸했다는 지적을 받았다. 이 총회장이 직접 기자회견을 열어 사과하고 해명하기도 했으나 불성실한 답변 등으로 도리어 공분을 샀다.
이후 이 총회장은 관련 혐의로 검찰에 구속됐다가 건강 악화를 이유로 전자추적장치 부착, 주거지 제한, 보석보증금 1억원 등의 조건에 보석됐다.
이 총회장은 개인 주거지 신축과정에서 종교단체 자금 52억원을 임의로 쓰고 수원 월드컵경기장 등 공용시설을 승인받지 않고 무단 점거 또는 위장단체 명의로 빌려 불법으로 행사를 진행했다는 혐의도 받고 있다.