[서울=뉴시스] 유자비 기자 = 국가전략기술사업화시설에 대한 추가 세액공제가 지방청별·법인별로 제각각 적용되고 있음에도 방치되자 감사원이 재정경제부 등에 기준을 명확히 하라고 통보했다.

감사원은 9일 공개한 '대구지방국세청 정기감사'를 통해 "구 기획재정부와 국세청은 업체들이 '조세특례제한법 시행령' 제21조 내용을 제멋대로 해석해 제각각 다른 방식으로 추가 공제를 신청하고 있는데도 이를 그대로 놔두고 있었다"라며 이같이 밝혔다.

2021년 7월 신설된 국가전략기술사업화시설에 대한 투자세액 공제(조세특례제한법 시행령 제21조)는 직전 3개년 평균보다 국가전략기술사업화시설에 더 많이 투자한 금액에 대해서는 기본공제 외 추가공제를 해주고 있다.

그러나 직전 3개년 평균을 초과한 시설 투자액을 다른 일반 시설 투자액 등과 통합해서 산정해야 할지, 투자기간이 3년 미만인 경우 직전 3개년 평균 투자액을 환산 평가할 때 어떤 방식으로 해야 할지 등에 따라 추가공제액이 달라진다. 이에 업체들은 제각각 다른 방식으로 추가 세액공제를 신청해 왔고 7개 지방청은 모두 정당한 것으로 인정해 왔다.

감사원은 "지도·감독해야 할 구 기재부와 국세청은 이같은 실정을 알지 못한 채 방치했다"라며 재정경제부와 국세청에 산출기준 등을 명확히 하고 그 기준에 따라 부당하게 적용·신청된 세액공제액을 추징·환급하는 방안을 마련하도록 통보했다고 밝혔다.

또 감사원에 따르면 부산지방국세청은 2022년 8월 A업체의 과점주주 4인이 해당업체 지분 70%를 매각하고 양도소득세를 신고하자, 관련 신고 내용을 처리했다. A 업체의 부동산 보유 비율은 68%로, 부동산보유비율 50%를 넘는 법인의 과점주주가 주식 50% 이상을 매각시 6∼45%의 종합소득세 누진세율을 적용하게 돼 있다.

그런데도 부산청은 부동산과다법인이 아닌 경우에 적용되는 25% 단일세율로 납부한 양도세 신고내용을 그대로 인정했다. 이에 따라 종합소득세율과 단일세율 차이에 따른 양도소득세 308억원이 부족 징수되는 결과가 초래됐다.

이에 따라 감사원은 부산청에 부족 징수된 양도소득세 308억여원을 추징하는 방안을 마련하도록 통보하고 관련자에 주의를 요구했다.

아울러 감사원은 상속세 조사시 법령 및 상속세 신고내용과 달리 배우자공제를 14억원 과다 적용해 상속세 7억여원을 부족 징수한 대구지방국세청 관련자에 대해서도 징계를 요구했다.


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