발급 기준 구체화로 혼선 방지
그동안 부가가치세법에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 발급 요건이 명문화되지 않아 해석 차이로 불필요한 행정 소모와 납세자의 혼란이 있어 왔다.
이번 지침은 미발급 대상에 대한 세부 기준을 수립해 납세자의 예측 가능성을 높이고 법적 안정성을 확보하는 데 목적이 있다.
관세청에 따르면 수입세금계산서는 수입시 수입자가 납부한 부가가치세를 추후 매입세액으로 공제받기 위해 사용된다.
이때 수입신고 후 과세표준이나 세액이 변경돼 납부할 부가가치세가 변경되면 세관에서 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있으나 관세포탈 행위 등 부가가치세법이 정하고 있는 미발급 기준에 해당하는 경우에는 수정수입세금계산서가 미발급돼 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없다.
이번에 관세청은 부가가치세법상 수정수입세금계산서 발급이 제한되는 '미발급 사유'를 명확히 판단할 수 있도록 구체적 기준을 제시, 특수관계자 거래에서 제출할 과세자료의 종류를 명문화하고 관세조사 등에 의한 반복 오류에 대해선 오류 유형 구분표를 마련했다.
또 보정통지 미수정시 예외적으로 발급되는 '정당한 사유'의 범위를 정하고 가격신고(과세자료)의 중대한 하자를 판단할 수 있는 세부 기준도 마련했다.
동일 오류 반복 행위에 대한 적용 기간은 직전 관세조사 등으로 한정하고 적용 분야별 구분표도 작성했다.
이와 함께 납세자가 세관의 미발급 처분에 대해 직접 의견을 제시하거나 위원회를 통해 이의를 제기할 수 있는 절차를 포함해 납세자의 권리보호 방안도 강화했다.
관세청은 이번 지침 마련을 위해 지난해 12월 5일부터 26일까지 3주간 관세청 누리집과 전국 순회 설명회통해 현장 의견을 수립해 왔다.
이명구 관세청장은 "이번 지침은 그간 해석이 모호했던 발급 제한 기준을 명확히 해 행정의 투명성과 납세자의 예측 가능성을 높이는 데 중점을 뒀다"며 "앞으로도 현장의 목소리를 반영한 합리적인 제도 운영을 통해 납세자의 권익을 보호하고 법적 안정성을 강화해 나갈 것"이라고 밝혔다.
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